内设机构为5个，分别为：综合部、第一研究部、第二研究部、宣传教育部、联络指导和科研管理部。

➊ 综合部：主要负责全院机关日常工作的综合协调和管理服务。负责机关综合调研、文秘、信息、办文、机要、保密、督查等工作；负责院务会议服务，承担目标管理、绩效考核、法规建设、建议（提案）办理、审读审稿办理等工作；负责机关财务及资产管理，承担国有资产、政府采购、合同管理、出版物管理等工作；负责综合治理、应急管理、安全保卫、国家安全、车辆管理、劳动用工管理、重要会议、公务接待及其他行政后勤保障工作；承担党史资料信息中心工作，负责机关图书、报刊、杂志的征订保管和阅览交流事务；承担机关档案管理工作；负责离退休老干部管理及服务工作；承担院务会交办的其他工作任务。

➋ 第一研究部：主要负责改革开放新时期和党的十八大以来的党史研究。记载和研究湖南贯彻习近平新时代中国特色社会主义思想历史进程；研究阐释马克思列宁主义、毛泽东思想、邓小平理论、"三个代表"重要思想和科学发展观；研究这一时期中共湖南历史，征集编纂党史著作和文献资料；研究编写这一时期中共湖南历史著作和大事记；研究这一时期涉及中共湖南历史的重要人物的思想业绩、精神风范；承担这一时期涉及中共湖南历史的重大事件、重要人物的纪念活动工作；审核这一时期涉及中共湖南历史的基本著作、重要文稿、资料等；承担院务会交办的其他工作任务。

➌ 第二研究部：主要负责新民主主义革命时期、社会主义革命和建设时期的党史研究。研究这一时期中共湖南历史，征集编纂党史著作和文献资料；研究编写这一时期中共湖南历史著作和大事记；研究阐述马克思列宁主义、毛泽东思想以及毛泽东同志为代表的湘籍老一辈革命家的思想业绩、精神风范；承担这一时期涉及中共湖南历史的重大事件、重要人物纪念活动工作；审核这一时期涉及中共湖南历史的基本著作、重要文稿、资料等；统筹湖湘红色基因文库编纂工作事务；承担院务会交办的其他工作任务。

➍ 宣传教育部：主要负责党的历史、党的文献的宣传普及教育。组织开展面向社会公众的党史知识普及宣传工作；组织专题性党史宣传教育活动，组织在新闻媒体宣传中共湖南历史；建设和管理党史宣传阵地，研判意识形态领域与党史有关的动态和问题，及时处置应对党史舆情，反击历史虚无主义；负责革命遗址保护利用工作，承担全省党史教育基地评授管理；承担党史及文献展览的布展和审核，负责组织党史题材文艺作品审读及新建纪念场馆立项和内容审核等；负责党史对外宣传，讲好中国共产党领袖故事、中国共产党湖南历史故事；承担院务会交办的其他工作任务。

➎ 联络指导和科研管理部：主要负责指导全省党史联络工作，统筹党史学会、研究会（中心）及党史学术交流活动。负责全省党史联络工作的组织、协调和指导，承担省党史联络组的日常服务工作；负责重要人物回忆录的征集整理及出版工作，收集、整理重要口述历史资料；负责全省党史干部业务培训工作；统筹协调指导湖南省中共党史学会、湖南省中共党史人物研究会、湖南省毛泽东思想研究会的日常工作及湖南省毛泽东思想研究中心的相关工作；负责全院科研工作规划、协调和管理事务；承担院务会交办的其他工作任务。

➏ 机关党委（人事）和机关纪委：负责院机关党建、组织人事、纪检监察和群团等方面的工作。承担机关党的建设和日常党务工作，负责院务会中心组学习的组织服务和保障，负责院机关党员干部政治理论学习及普法教育；负责机关干部选拔任用、监督、调配、考核、档案、工资福利、人才选拔培养、卫生健康、职称、外事等工作事务；负责机关精神文明创建和工青妇、关工委工作；负责机关纪检监察工作；承担院务会交办的其他工作任务。